EEA (Euroopan ympäristövirasto) on luonut ohjeiston vesivarojen ja vedenlaadun yhtenäisestä seurannasta Euroopassa, jossa lähtökohtana on saattaa eri maiden vesien seurantatulokset vertailukelpoisiksi keskenään. Ohjeiston perusteella on kuhunkin kohdevaltioon laadittu seurantaverkko (EUROWATERNET), joka sisältää niin pohjavesien, jokien kuin järvienkin vedenlaadun sekä hydrologian. Tämä seurantaverkko perustuu pääasiassa jo olemassa oleviin seurantaverkkoihin ja kattaa koko joukon vesistöjä tai vesistön osia, jotka lukeutuvat perusosiin, vaikutusten seurantaan ja vertailuosiin kokonsa tai erityispiirteiden puolesta. Laadittuun seurantaverkkoon sisältyy aikaisempaa käytäntöä laajempi ja monipuolisempi analytiikka sekä näytteenottofrekvenssi. Erityisesti biologisten seuranta-menetelmien yleistyminen on huomattavaa. Pohjois-Savossa seurantaverkkoon kuuluu 23 järveä, joilta seurataan kasviplanktonin määrää, lajikoostumusta- ja runsautta joka kolmas vuosi. Havaintojärvet ovat:

Lisäksi Pohjois-Kallavedeltä on valittu yksi piste ns. intensiivihavaintopisteeksi, jonka tarkoituksena on tuottaa tietoa kohdejärven ekologisesta tilasta biologisten muuttujien pitkäaikaisella havainnoinnilla. Vuodesta 2000 alkaen otetaan intensiiviasemalta kasvi- ja eläinplanktonnäytteet viisi kertaa kasvukauden aikana sekä pohjaeläinnäytteet kerran vuodessa.

EU:n vesipoliittinen direktiivi tuo tullessaan uuden veden laatua koskevan määritelmän, jossa esim. vesistön tilaa ei rinnastetakaan vesistön laadulliseen käyttökelpoisuuteen vaan vesistön ekologiseen tilaan, jonka määrittelemisessä biologiset seurantamenetelmät ovat avainasemassa. Siten vesipuitedirektiivin velvoitteen mukaisesti fysikaalis-kemiallisten tutkimusten rinnalle tulee huomattava määrä biologista monitorointia. EU-direktiivissä biologisille seurannoille on annettu ohjeellinen seurantatiheys esim. järvissä:

Näiden lisäksi direktiivi antaa mahdollisuuden käyttää myös muita soveltuvia biologisia menetelmiä vertailututkimuksissa. Seurantastrategia on ympäristöhallinnossa kehitteillä ja astuu voimaan 2005.

Yleisten vesistöseurantojen lisäksi ihmistoiminnan vaikutuksia vesistöön tarkkaillaan velvoitetarkkailuilla, joiden toteuttajana Pohjois-Savossa on toiminut pääasiassa Savo-Karjalan vesiensuojeluyhdistys r.y. Laajamittaisempaan vesistötarkkailuun kuuluu Iisalmen reitin, Juurusveden, Kallaveden ja Haukiveden yhteistarkkailut. Tarkkailuihin sisältyy vuosittaisen fysikaalis-kemiallisen seurannan lisäksi myös määrävuosina (esim. 3 vuoden välein) tehtävä laajennettu biologinen monitorointi kattaen yleisimmät biologiset seurantamenetelmät tarkkailukohteesta riippuen.