Ihminen muuttaa toiminnallaan vesistöjen veden laatua. Vedet voivat rehevöityä etenkin asuma- ja teollisuusjätevesien laskun seurauksena. Samoin teollisuusjätevesien sisältämät myrkylliset aineet muuttavat usein veden laatua eliöille epäedullisemmaksi. Vesistön luonnontilaa muuttavat myös, säännöstely, perkaukset ja vesirakentaminen. Vesien tilan tarkastelussa pääpaino on ollut fysikaalis-kemiallisessa seurannassa (ravinnepitoisuudet, happi ja hapen kulutus, pH, raskasmetallit yms.). Nykyisin vesistön eri kuormitustekijöiden moninaisuus ja entistä suurempi tiedon tarve vesistön tilasta on nostanut esiin biologiset tutkimusmenetelmät, sillä moninaisten tekijöiden yhteisvaikutusten arvioimiseen ei yksittäisten parametrien seurannalla enää kyetä.

Biologinen seuranta antaa perustietoa ympäristön tilasta

Biologisen ympäristön tilan seurannan (biomonitoroinnin) pääperiaatteena on ekosysteemin tilan määrittäminen eliöyhteisössä tapahtuvien muutosten perusteella. Vesistöjen tilan kattavaan seurantaan tarvitaan sekä fysikaalis-kemiallisia että biologisia seurantamenetelmiä. Vesistön nykytilaa tai muutoksia biologisilla menetelmillä arvioitaessa on peruslähtökohtana kohdevesistön ja valuma-alueen hydrologinen selvitys. Biologiset seurantamenetelmät ovatkin viime vuosien aikana vakiinnuttaneet asemansa vedenlaadun seurannassa ja ovat nykyisin osana seurantatutkimuksissa ja alueellisissa velvoitetarkkailuissa esim. teollisuuden ja kalankasvatuksen vesistövaikutuksia arvioitaessa. Biologiset mittauksetkaan eivät sinänsä ole mikään "viisasten kivi", mutta asiantuntevasti suoritettuna hyvä lisäapu olosuhteita kuvattaessa.