Vesiekosysteemissä eliöiden esiintymisen taustalla vaikuttavat monet elolliset ja elottomat ympäristötekijät. Siten ehdottomia johtopäätöksiä vesistön tilasta ei pelkästään lajiston koostumuksen perusteella voida tehdä, vaikka eri lajit suosivatkin jonkin verran erilaisia ympäristöjä. Vaikeutena on esimerkiksi se että lajit, jotka selviytyvät äärimmäisissä olosuhteissa, ovat useimmiten myös niitä, jotka tulevat toimeen lähes kaikissa olosuhteissa. Paitsi lajiston yleiskuvauksen ja koostumuksen perusteella, on vesistön tilaa pyritty arvioimaan ja kuvaamaan myös lajimäärien ja yhteisön lajien keskinäisiä määräsuhteita kuvaavien diversiteettien avulla.

Vesiekosysteemin rehevyyden kasvaessa lisääntyy myös yhteisöjen lajiluku ja yhteisön lajien määräsuhteet ovat suhteellisen tasapainoiset. Kun rehevyysaste kohoaa hyvin suureksi, ovat olosuhteet suotuisat enää vain pienemmälle lajijoukolle, joten voimakas rehevöityminen aiheuttaa lajiston köyhtymistä ja lajienvälisen tasapainon järkkymistä. Tällöin yhteisössä on todettavissa voimakkaita valtalajeja ja niiden ohella satunnaisemmin esiintyviä lajeja. Eli yleistäen, jos vesistöä hallitsee vain muutama laji, on useimmiten kyseessä häiriintynyt vesistö, vaikka yksilömäärä olisikin suuri. Jos lajisto on monipuolinen, voidaan vesistöä pitää puhtaana.

Suuri ympäristöolosuhteiden muutos aiheuttaa selvemmin havaittavia eroja lajistossa entiseen verrattuna. Esimerkiksi likaantumisen seurauksena lajilukumäärä usein pienenee ja uusi lajisto voi suuresti erota edeltäneestä. Myös lajien väliset suhteet kuten kilpailu ja saalistus muuttuvat tällöin. Muutokset saattavat pahimmassa tapauksessa ulottua koskemaan koko vesistöä, vaikka muutoksen aiheuttaja olisikin paikallinen. Lievät vesistössä tapahtuvat muutokset näkyvät vain vähäisinä muutoksina lajistossa ja yksilörunsaudessa. Näiden muutosten selvittäminen vaatii tarkkaa työskentelyä ja hyvää lajintuntemusta. Yleensä kaivataankin useampia näytteitä kasvukauden ajalta ja/tai yhteisörakenteen antamaa tietoa, ennen kuin muutosaste on mahdollista määritellä tarkemmin.

Yksioikoisia, vain muutaman lajin perusteella tehtäviä tulkintoja on syytä välttää. Nykyään pyritäänkin koko eliöyhteisön rakenteen ja eri lajien runsauden ja koon säätelymekanismien selvittämiseen.